Existem duas fontes de molibdênio no meio ambiente

(1) O intemperismo libera molibdênio das rochas. Estima-se que 1,000 toneladas dele entre em corpos d'água e solos todos os anos e migre pelo meio ambiente. A distribuição desigual de molibdênio causa "doenças do solo e da água" em algumas áreas devido à falta de molibdênio, e "doenças de gota" (por exemplo, Armênia) em algumas áreas devido ao alto teor de molibdênio.
(ii) A aplicação mais ampla do molibdénio nas actividades humanas e a queima de combustíveis fósseis que contêm molibdénio (por exemplo, carvão) aumentaram a quantidade de molibdénio que circula no ambiente. A produção mundial de molibdênio é de 100,{2}} toneladas por ano, e 800 toneladas de molibdênio são queimadas e liberadas no meio ambiente a cada ano. A quantidade de molibdênio adicionada ao ciclo pelas atividades humanas excede o ciclo natural. As indústrias que mais utilizam o molibdênio são metalurgia, eletrônica, mísseis e espaço, energia atômica, química e agricultura. A poluição por molibdênio não foi suficientemente estudada.

O transporte de molibdênio no meio ambiente está relacionado às condições oxidantes e redutoras, à acidez e alcalinidade do ambiente e à influência de outros meios. Quanto mais oxidantes e alcalinos forem a água e o solo, mais fácil será para o molibdênio formar íons MoO; as plantas podem absorver molibdênio neste estado. A acidez do ambiente aumenta ou a redutibilidade aumenta, o molibdênio é facilmente convertido em íons complexos e, eventualmente, forma MoO; este estado de molibdênio é facilmente fixado pela argila e colóides do solo e ácido húmico e torna-se inativo e não pode ser absorvido pelas plantas. No oceano, o ambiente redutor do fundo do mar faz com que o molibdênio seja adsorvido por substâncias orgânicas e depois envolto em colóides contendo manganês, formando eventualmente nódulos que afundam no fundo do mar e são retirados do ciclo da biosfera.
O molibdênio tem baixo impacto em animais e peixes de sangue quente. Altos níveis de molibdênio têm um impacto negativo nas plantas, testes mostram que: concentração de molibdênio de 0,5 ~ 100 mg/litro quando o crescimento do linho terá vários graus de impacto; 10 ~ 20 mg/litro quando o crescimento da soja tem efeito prejudicial; 25 ~ 35 mg/litro quando o crescimento do algodão é levemente prejudicial; 40 mg / litro quando o crescimento da beterraba sacarina tem um efeito prejudicial. Quando a concentração de molibdênio na água atingir 5 mg/l, a autopurificação biológica da água será inibida; quando 10 mg/l, esse efeito será ainda mais inibido, e a água terá um sabor forte adstringente; quando 100 mg/l, o crescimento microbiano do corpo d'água diminui e a água tem um sabor amargo. A China estipula que a concentração máxima permitida de molibdênio nas águas subterrâneas é de 0,5 mg/l, a concentração máxima permitida de molibdênio solúvel no ar da oficina é de 4 mg/m3; e o molibdênio insolúvel é 6 mg/m3.